A série conta a história da estudiosa unicórnio chamada Twilight Sparkle, e como ela é encarregada por sua mentora Princesa Celestia de aprender sobre amizade na cidade de Ponyville. Twilight torna-se amiga íntima de cinco outras pôneis: Applejack, Rarity, Fluttershy, Rainbow Dash e Pinkie Pie. Cada uma representa uma parte diferente da amizade, descobrindo-se como as peças-chave dos "Elementos da Harmonia". Na série, as pôneis partem para aventuras e ajudam outros moradores de Ponyville, enquanto lidam também com os momentos problemáticos em suas próprias amizades.