Depois de perder a sua mãe num incêndio, Mahito, um jovem rapaz de 11 anos, é obrigado a deixar a cidade de Tóquio para voltar para a aldeia onde cresceu. Ele instala-se com o seu pai numa velha mansão situada numa imensa propriedade onde ele se cruza com uma garça que aos poucos se torna a sua guia e o ajuda nas suas descobertas e questionamentos para compreender o mundo ao seu redor e desvendar os mistérios da vida.