A história de Kiseijuu, se passa em um mundo em que seres extraterrestres chamados parasitas invadem a Terra. Eles se apoderam dos humanos entrando pelas cavidades corporais, com a finalidade de controlar o corpo da vítima. A história se desenrola quando um extraterrestre chamado Migi falha em se apoderar do corpo de Shinichi Izumi, fazendo com que os dois sejam obrigados a conviver juntos.