Depois de seu luta com Udō Jin-e, o breve período de paz de Kenshin Himura é interrompido pela presença de Saitō Hajime, o ex-capitão da Shinsengumi que assumiu um pseudônimo na força policial de Tóquio. Com a liberdade de Takani Megumi na balança, Kenshin descobre que ele está sendo inscrito em uma operação secreta na cidade de Kyoto. Lá, Kenshin lida com um pequeno exército sob a liderança do substituto de Battousai, O Retalhador, que foi considerado uma ameaça tão grande para a estabilidade do governo Meiji que eles tentaram queimá-lo vivo: Shishio Makoto.