Van, que é príncipe do pequeno reino de Fanelia, trata Hitomi muito mal. A menina descobre que o coração de dragão é a fonte de força que ativa o mecha Escaflowne e que obtê-lo era o rito de passagem de Van. Em Gaia, onde a Terra é só uma pequena lua fantasma, os poderes de Hitomi parecem aumentar. Pouco após a chegada da menina, o reino de Van é destruído pelo poderoso Império Zaibach. Hitomi e Van fogem com Escaflowne e acabam encontrando Allen Shezard, um cavaleiro galante e renegado. Allen é idêntico à Amano sempai, o amor de Hitomi. No decorrer da história o poderoso Império se torna uma ameaça a todos os reinos de Gaia e vemos as diversas tentativas de resistência, sempre com as visões de Hitomi antecipando tragédias e ajudando a solucionar problemas. Além disso, somos introduzidos aos dramas das personagens centrais e percebemos o quanto Hitomi vai ficando dividida entre Van e Allen.