Den City é uma cidade futurística, onde a história se passa. Nesta cidade, devido ao avanço tecnológico desenvolvido pela “SOL Technology”, um espaço de Realidade Virtual foi criado, ele se chama “LINK VRAINS”. Esse espaço consiste em "Data Storms", ou "Tempestade de Dados", que fazem com que os Hoverboards possam fluir e os Speed Duels possam acontecer. Durante cada duelo, um personagem tem direito de usar 1 Skill, ou Habilidade, que possam o ajudar durante o duelo.

No entanto, em "LINK VRAINS", um misterioso grupo hackers apareceram. Eles se apresentam como Os Cavaleiros de Hanoi, e o Playmaker (nickname do Yusaku Fujiki quando logado no Link VRAINS) luta contra eles para deixar a cidade protegida dos seus ataques. O príncipal objetivo desse grupo é destruir o Mundo Cyberse (onde os dados da Data Storm aparentemente estão), e para isso eles usarão de todo o meio que conseguirem.