A segunda temporada irá focar no arco das Irmãs. Com duração de apenas em um volume único do Toaru Majutsu no Index Light Novels, que depois foi expandido para Toaru Kagaku no Railgun mangá. O arco foca as provações de Mikoto Misaka depois de descobrir a existência das irmãs Radio Noise que estão sendo usadas na mudança para nivel 6, um experimento onde elas são mortas para que o nível mais alto escalão 5, Accelerator, possa atingir o nível 6