Æon Flux se passa no ano 2415, quando a raça humana foi totalmente dizimada por um vírus mortal, exceto em duas cidades vizinhas: Monica e Bregna. Esta é uma cidade-fortaleza aparentemente perfeita: muito organizada, limpa, de construções grandiosas e de incrível beleza. Por outro lado, pessoas somem inexplicavelmente, o que faz um grupo de rebeldes investigar o que está acontecendo ali.