Depois dos poderes telecinéticos de um jovem seres descobertos pelos militares, ele é levado à força para ser transformado em uma "arma viva". Então, seu irmão precisa fazer de tudo para salvá-lo, antes que Manhattan acabe sendo destruída pelos poderes do rapaz. Kaneda é o dono de um bar em Neo-Manhattan que fica desesperado com o sequestro de seu irmão, Tetsuo, por agentes do governo. Angustiado, Kaneda concorda em se juntar ao movimento underground liderado pela Ky Reed, cuja intensão é revelar ao mundo o que realmente aconteceu na destruição da cidade de Nova Iorque, cerca de 30 anos atrás. Mesmo acreditando que as teorias de Ky Reed são difíceis de acreditar, a opinião de Kaneda muda após ver os poderes de seu irmão. Ky acredita que Tetsuo é capaz de libertar um jovem garoto chamado Akira, que tomou controle da mente de Tetsuo. Kaneda, então luta contra as tropas do Coronel para impedir que Tetsuo liberte Akira, mas chega tarde demais. Akira foge de sua prisão graças a Tetsuo, enquanto Kaneda corre para salvar seu irmão antes que Akira destrua a ilha de Manhattan, assim como ele fez há trinta anos