A história de Argento Soma gira em torno de Takuto Kaneshiro, um rapaz tímido e inteligente que se vê envolvido em um projeto militar secreto. Este projeto busca combater as constantes invasões sofridas pela Terra por entidades alienígenas, utilizando, para isto, um robô extra-terrestre chamado Extra-One. Após perder sua amada Maki Agata durante um desmoronamento causado pela reanimação de Extra-One (semi-morto após um ataque), Takuto Kaneshiro considera Extra-One culpado por esta morte, e faz uma espécie de pacto com o diabo, em busca de vingança contra aquele que tirou a vida da bela Maki. A partir daí, Takuto se torna Ryu Soma, uma pessoa misteriosa e de personalidade ambígua que ingressa na organização Funeral (responsável por Extra-One) para eliminar seu inimigo.