A história desenrola-se 150 anos após a humanidade ter perdido metade do planeta devido a uma misteriosa "névoa negra". Para conter a "névoa" foram erguidas paredes com 3000 metros para dividir o mundo, e a metade da população que sobreviveu, agora vive em cidades chamadas "Arks". Enishi Shido é um dos poucos sobreviventes japoneses e um praticante do estilo Shido de Ninjutsu. Ele dirige uma agência de detetives localizada na nona arca com a sua parceira Rebecca Ross. Ao perseguir um suspeito de assalto, Shido fica sabendo de uma grande conspiração, que pode estar ligada à Síndrome de Liviguard que está transformando as suas vítimas em criaturas não humanas.