O explorador Milo Thatch (Michael J. Fox) recebe inesperadamente um mapa que indica a exata localização da cidade perdida de Atlantis. Juntamente com o Capitão Rourke (James Garner) e sua tripulação, ele parte em busca da cidade a bordo de um submarino, bancado por um excêntrico magnata. Porém, para encontrar Atlantis Milo, Rourke e sua tripulação terão que enfrentar os mais diversos obstáculos ao longo da jornada submarina.