No futuro, a internet se tornou um ambiente de realidade virtual totalmente imersiva. As pessoas se conectam a rede usando um plug na nuca ligando seus cérebros diretamente à rede. Quando uma série de mortes ocorrem em pessoas que estavam online, em misteriosos casos onde o ambiente cibernético em que estavam é também influenciado e rumores de um 'fantasma cibernético' se espalham, a FLAK, organização militar responsável pela segurança da rede, decide agir.
Souma Tooru é um Hacker em seus dias de glória, e justamente para saírem antes de problemas, seu grupo, o "Steppen Wolf" liderado por Yuuya decide parar suas atividades, mas antes decidem fazer um audacioso hack logo na FLAK ... não poderiam escolher pior hora.