Em um futuro próximo, onde humanos foram derrotados por um parasita viral chamado Gastrea, eles foram exilados em um pequeno território e viviam em desespero, lado-a-lado com o terror.

Neste mundo preso nas trevas;

Rentaro, um garoto que vive perto de Tóquio e membro da "Segurança Civil", uma organização especializada em lutar contra a Gastrea, é acostumado a cumprir perigosas missões. Seu parceiro é Enju, uma menina precoce. Eles lutavan graças aos seus peculiares poderes até o dia quando receberam uma tarefa especial do governo. Essa missão ultra secreta irá salvar Tóquio da destruição...

Locado em um futuro próximo, essa estória épica... começa agora!