Após os acontecimentos da série Blue Dragon, Shu & Buuke juntam-se à um grupo de resistência para lutar contra exército de invasão do General Rogi. Eles encontram uma criança misteriosa, chamada Noi, que tem o poder de reviver as sombras. Agora Shu, Buuke, Noi e Marumaro precisam novamente partir em uma jornada, para descobrir o propósito dos dragões, enfrentar desafios e interromper a cadeia de acontecimentos que ameaçam o destino da humanidade.

Possui 51 episódios, de aproximadamente 24 minutos cada.