Uma noite, logo antes das férias de verão, Daiji Manatsu, um estudante do segundo ano, vê um arco-íris redondo estranho flutuando no céu acima de Ilha Seed e vai até o estranho fenômeno sozinho. Ele viu este arco-íris antes. Com as memórias da morte misteriosa de seu pai e de um encontro de um menino e uma menina misteriosa, Daiji chega à ilha, enquanto o alarme de um edifício identificado como “Earth Engine” é ligado. A batalha em torno das estrelas brilhando está prestes a começar.