Uma mistura de animação e documentário, Cidade de Fantasmas acompanha um grupo de crianças nipo-americanas que nota sinais de atividade paranormal em sua vizinhança e decide rastreá-las. Até que suas suspeitas se confirmam: existem fantasmas que vivem pacificamente em Los Angeles, escondidos entre os demais habitantes. É o início de uma grande aventura para esses amigos: eles passam a se comunicar diretamente com os espíritos, entrevistando-os e descobrindo o porquê de eles ainda estarem por lá. A turminha ouve histórias muito especiais de seus vizinhos assombrados, de modo a aprender um pouco mais sobre a própria cidade onde moram.