Ryo Saeba (City Hunter), é um detetive particular na cidade de Tóquio. Juntamente com sua parceira Kaori Makimura, Ryo é contratado pela atriz Emi Makaze para encontrar seu irmão perdido.

O irmão da mulher acaba por ser "O Professor", um ex-soldado perturbado que está planejando destruir o distrito Shinjuku de Tóquio. Kaori é incubida de proteger Emi, mas ambas acabam pegas no esquema do Professor. Agora Ryo deve salvá-las, sem permitir que o centro de Tóquio seja destruído.