O líder do CIS vai desaparecer. O agente Clank tenta o seu melhor para rastrear um traficante de armas em aliança com uma organização perigosa. Isto leva Clank decidir a ser o novo líder CIS, enquanto os agentes reconstróem seu status anterior. No entanto, o maior mistério encontra-se com um estranho que aparece a partir de um passado sombrio.