Clannad: Mou Hitotsu no Sekai, Tomoyo-hen é ambientado em uma realidade alternativa onde Tomoya Okazaki namora Tomoyo Sakagami.

Tomoyo foi eleita para ser a próxima presidente do Conselho Estudantil da escola. Esta é uma ótima notícia, pois agora ela pode trabalhar em seu objetivo de evitar que as cerejeiras da escola sejam derrubadas. Embora Tomoya esteja extasiado por ela, dada sua reputação como delinquente na escola, seu relacionamento com Tomoyo está tornando-os objeto de fofoca ao redor do campus, o que pode potencialmente comprometer sua posição como Presidente do Conselho Estudantil. A desaprovação da comunidade escolar em relação ao seu relacionamento torna-se mais aparente quando o vice-presidente do Conselho Estudantil e até mesmo a administração da escola avisa Tomoya para se distanciar de Tomoyo.

Com a má atmosfera ampliando a fenda entre Tomoya e Tomoyo, Tomoya sucumbirá à pressão da sociedade e fará o que eles dizem, ou será que o amor de Tomoya um pelo outro vai se elevar acima de tudo?