Um dia voltando para casa em um ônibus, Sakurakouji. Sakura olha pela janela e vê várias pessoas sendo queimadas vivas por uma espécie de fogo azul, e um garoto no meio do fogo, parecendo não levar dano algum. No outro dia quando retorna ao local, não há cadáveres ou provas de qualquer assassinato, apenas um pequeno incêndio. Quando Sakura chega à escola ela descobre que o garoto que viu no dia anterior é o novo estudante transferido da sua classe. Logo Sakura descobre que ele trata-se de Ogami Rei, o sexto "Code: Breaker", um tipo especial de assassino que possui poderes e trabalha para uma organização secreta (Éden) que serve ao governo.