Code breaker conta a história de Sakurakouji Sakura-san, uma garota desejada por todos os meninos da escola, mas que é expert em artes marciais! Um dia, voltando pra casa, ela vê um garoto de sua idade queimando pessoas com uma chama azul, fato que desperta sua curiosidade. Na escola, ela se assusta com o aluno novo transferido: Oogami Rei, que é provavelmente culpado pelo assassinato!