Crianças da Amazônia acompanha a cineasta brasileira Denise Zmekhol em sua viagem, pela estrada BR 364 até o coração da Amazônia, à procura das crianças Suruí e Negarotê que ela havia fotografado 15 anos antes. É um filme sobre uma viagem, em parte uma viagem no tempo - uma jornada que conta a história do que aconteceu na vida da maior floresta do planeta quando a estrada cortou suas terras.