No futuro, a água cobriu grande parte da Terra, devido aos efeitos do aquecimento global, deixando a raça humana a viver em cidades vizinhas flutuantes. A órfão Maia Mizuki, 15 anos, recém-formada do ensino médio, já candidatou-se para o emprego na elite Ocean Agency, parte do governo do mundo futurista. Apenas os melhores, mais inteligentes, e fisicamente aptos alunos são escolhidos para a admissão. Maia, a protagonista da série, vai tornar-se uma dessas poucas.

Mas o seu ideal de vida rapidamente se desfaz. Para sua decepção, Maia inesperadamente fracassa nos exames de admissão, apesar de suas altas notas. Para piorar as coisas, ela é despejada de sua casa, sua carteira de dinheiro é roubada, é tomado como refém, e baleada. É "salva" por duas mulheres (Rena e Shizuka) que fazem parte de uma organização de auxílio aos desempregados não ortodoxa chamada Nereidas (inspirada nas Nereidas da mitologia grega). Sem nenhum lugar para ir, Maia junta-se à Nereidas. Fica encarregada desde capturar criminosos procurados, até recolher gatos abandonados, muitas vezes com resultados inesperados. Gloria e Yu mais tarde juntam-se à Nereidas.

A palavra Daphne (do grego Δάφνη, que significa "loureiro") do título, refere-se às últimas palavras da avó de Mia. Brilliant Blue, refere-se ao fato de que este é um mundo coberto por água, com quase nenhuma terra. O mundo é constituído por vastos oceanos, algumas ilhas e cidades flutuantes. Esta subtrama que começa a meio caminho da série diz respeito à jornada de Mia para recuperar uma cápsula do tempo de seu passado enterrada debaixo de um loureiro em Elpida, uma cidade submarina perdida a mais de um século.

O mangá da série é uma prequela que ocorre um século atrás, quando os seres humanos foram forçados a viver no fundo do mar e quando as cidades tinham nomes gregos. Elpida (em grego: Ελπίδα) é uma palavra grega que significa "esperança". Atualmente, os nomes têm inspiração russa, como Kamchatka. Ai Mayuzumi, bisavó de Millie é a protagonista da história.