Shinichi Kudo, é um estudante colegial que investigava por mero acaso, um ato suspeito após sair do parque de diversões. Tratava-se de 2 membros da Black Organization (Organização secreta de criminosos) realizando uma transação. Por azar, ele é descoberto e abatido, sendo feito de cobaia ao experimentar uma droga (de nome APTX 4869) que supostamente era para mata-lo sem deixar rastros. Por alguma causa desconhecida, em vez de morrer, seu corpo volta a ser como de 10 anos atrás, quando era uma criança de apenas sete anos.

Agora, o prodígio detetive tem que esconder sua verdadeira identidade e assumir ser apenas uma criança, apesar de sua mente não ter sido afetada, para que as pessoas a sua volta não corram perigo, pois se a organização a qual fez isso com ele descobrir que ele não morreu, certamente irá atrás dele e de todos que estão a sua volta.