Primeiro de mais de dez filmes baseados na série de animação Detective Conan, The Time Bombed Skyscraper mantém a premissa do jovem e famoso detetive Shinichi Kudou que, aos 17 anos, foi obrigado a tomar uma droga misteriosa cujo efeito foi fazer com que ele aparentasse ser uma criança. Então, Shinichi mudou seu nome para Conan Edogawa e passou a morar com sua amiga de infância Ran Mouri e seu pai, um detetive sem reconhecimento, mantendo assim seu segredo guardado.
Neste filme, Conan é obrigado a correr contra o tempo para desativar bombas espalhadas por diversas construções de Tóquio, programadas por um homem misterioso. Desvendando pistas que indicam onde está o próximo alvo, ele terá que ser rápido para conseguir chegar a tempo aos locais e ainda salvar a vida de Ran.