Tudo começou quando Makoto Mizuhara, um aluno normal da escola Shinonome, construiu uma máquina para o projeto de Ciências que seria um modelo para o colégio. Porém, Jinnai morre de inveja de Makoto que tem liderança em tudo o que faz como nos estudos, nos esportes, e ainda é muito mais popular que ele.
Jinnai desconfigurou toda a máquina construída por Makoto, trocando os cabos de conexão para que todo o projeto fosse arruinado; enquanto isso acontece, Makoto estava com sua amiga Nanami, que é irmã de Jinnai, e o seu professor de história, Fujisawa. Depois Makoto vai dar uma última olhada na sua máquina, Nanami aproveita e vai junto com ele para pegar os ingredientes do lanche que vende na escola. Quando Makoto chega ao laboratório, vê Jinnai tentando destruir seu projeto. Acontece um curto na máquina que forma um portal que teletransporta Makoto, Nanami, Fujisawa e Jinnai, para um mundo totalmente imprevisível chamado El-Hazard, foi a partir daí que descobriram para que servia a máquina.