A temporada inteira é sobre o assassinato do presidente eleito Frankie Vargas. É revelado que sua esposa, Luna, estava por trás de seu assassinato porque ela queria poder. O final da sexta temporada termina com Mellie se tornando a primeira mulher presidente dos Estados Unidos. No final do mandato de Fitz, ele decidiu restabelecer um B613 e se tornar Comando, devido à manipulação de Rowan dele. Olivia o convence a não fazê-lo, porque ela acha que isso o destruirá. Depois, Mellie reserva uma porcentagem dos fundos do Pentágono em um fundo de emergência cego e usa esse dinheiro para restabelecer a B613. Olivia se torna Command no final da temporada e se considera a pessoa mais poderosa do mundo.