O filme se passa em algum tempo aleatório, onde a equipe de Natsu, decide pegar uma missão devido à sua grande recompensa, mas por causa de uma falha da Lucy, eles acabam falhando na missão. Lucy, bem chateada com isso, acaba se encontrando com uma mulher misteriosa, Eclair, na sua volta para casa. Ela tinha perdido a memória e apenas sabia que deveria levar a "Pedra da Fênix" para algum lugar. Lucy, avisa ao resto da equipe dela e todos concordam em escoltá-la para onde quer que fosse o lugar de entrega desse artefato. Entretanto, mal ela sabia que esta pedra estava na mira de uma guilda das trevas, que tinha o intuito de ressuscitar uma "Fênix", que seria uma presença tão poderosa e destrutiva que poderia acabar com todo o continente. Cabe à Fairy Tail, completar a sua tarefa, descobrir o passado de Eclair, e, principalmente, combater a guilda das trevas.