Ano 2009: A raça humana está em meio a uma guerra de três vias com a raças humanóides alienígenas gigantes chamadas Zentraedi (masculino) e Meltrandi (feminino). Após executar uma dobra espacial que enviou ele e parte do Sul da Ilha de Atalia à borda do Sistema Solar, a fortaleza espacial Macross está em seu caminho de volta à Terra. Durante uma batalha contra as forças Zentraedi, o jovem piloto Hikaru Ichijo resgata a cantora idol Lynn Minmay, e apenas uma canção descoberta há milhares de anos - juntamente com a voz de Minmay - pode determinar o resultado da guerra agora.

O filme é uma adaptação cinematográfica da série original Macross, com nova animação. O enredo do filme não se encaixa diretamente na cronologia Macross, e era originalmente uma releitura do universo alternativo da história, mas mais tarde foi criado como parte do universo Macross. Dentro do universo Macross é um filme popular (ou seja um filme dentro de uma série de televisão), fato demonstrado em Macross 7. No entanto, novas produções Macross, como Macross Frontier usou elementos de ambas as séries de TV, o primeiro e este filme. Na tradição Macross, que apresenta transformando mecha, música pop, e um triângulo amoroso. O filme recebe o nome de seus temas românticos e também pela música cantada durante a sua sequência de batalha climática por Lynn Minmay (dublada por Mari Iijima). Em Macross Frontier, a mais nova série do universo Macross, os primeiros episódios reutilizarão cenas-chave deste filme e Flash Back de 2012 para dar aos espectadores vislumbres de acontecimentos passados.