Free Willy

Jesse e seus pais adotivos mudam-se para o litoral.

Ele passa a trabalhar num centro de pesquisa e resgate de vida selvagem do qual Randolph agora faz parte.

No primeiro episódio, Jesse descobre que é capaz de falar com os animais.

Isto permite que Willy e os outros personagens animais do programa tenham personalidades plenas e papéis maiores nos episódios.

O principal antagonista da série é um homem chamado Máquina, que busca se vingar de Willy, pois este é responsável por Máquina perder um braço e parte de seu rosto, tornando-o um ciborgue (primeiramente, estava implícito que Willy os arrancara, mas um flashback revelou que Willy causou a destruição de seu submarino, que o arremessou à hélice de um navio).

Ele ainda usa sua antiga identidade de Sr. Stone.

Máquina também criou criaturas oriundas de lixo tóxico que são verdes e viscosas, e não muito brilhantes.

Eles levam a cabo suas instruções de poluir e destruir criaturas vivas e ecossistemas.

Através da série, Máquina sempre aparece com planos e esquemas para destruir Willy e o ecossistema, os quais involvem jogar lixo no oceano e criar armas, tais como uma lula gigante com apreço por orcas, e provocar uma maré vermelha para destruir todas as criaturas vivas.