No futuro, a Terra é invadida e está em guerra com alienígenas de outra dimensão chamados de Nova. A fim de combatê-los, Pandoras, meninas geneticamente modificadas com habilidades de luta superiores ao humano comum, e seus parceiros do sexo masculino, chamados Limitadores(?), que possui uma habilidade especial chamado “Congelamento (Freezing)” que limita a mobilidade do seu oponente, são instruídos para lutar contra os Novas.
Kazuya Aoi, um Limiter cuja irmã era uma poderosa Pandora, e Satellizer el Bridget, uma forte Pandora com uma personalidade fria, estão matriculados na Academia de West Genetics, uma das muitas academias onde Pandoras e Limitadores são treinados. Apesar dos avisos de todos os seus amigos sobre Satellizer, que tem fobia a toque e por tal é conhecida como a “Rainha Intocável”, Kazuya decide ser seu amigo e Limiter. A história segue com a amizade de Kazuya e Satellizer, os estudantes da Academia e a guerra da Terra contra os Novas.