Após o Armagedom ocorrido no primeiro Genma Taisen, a vida na Terra ressurge em um período caótico onde humanos são tratados como escravos pela tribo Mah e os próprios símios que deram origem a espécie evoluíram e se tornaram parte de uma casta superior. A sociedade antes formada pelos humanos não existe mais, e os gêmeos Rufu e Jin nasceram do cruzamento entre a espécie humana e o rei dos Mah, sendo portanto dotados de incríveis poderes, embora preservem um coração humano.