Hakuouki é baseado na história japonesa.
A história gira em torno de uma garota chamada Yukimura Chizuru. Chizuru vivia com seu pai, até que este teve que viajar a trabalho, mas, para afastar a tristeza e solidão da menina e para tirar a preocupação da mesma, ele promete escrever sempre. E, de fato, ele cumpre a promessa, até que um dia as cartas param de chegar. Chizuru fica preocupada e decide viajar até o local para onde o pai tinha ido trabalhar.
Mas durante o percurso, Chizuru é perseguida por alguns homens. Desesperada, ela se esconde atrás de uma espécie de barril e acaba vendo algo que não deveria: os homens que antes a perseguiam, agora são derrotados brutalmente por um grupo de samurais vestidos de azul, cabelos brancos e olhos vermelhos, que aparentemente estão condenados à insanidade, pois lutam apenas por sangue.
Mas Chizuru estava enganada se achava que estes samurais de olhos vermelhos a ajudaram quando mataram os homens que a perseguiam, pois, logo depois, eles vêm atrás dela. Entretanto, para sua sorte, a moça é salva por outros samurais, com o mesmo traje, mas que parecem normais. E mesmo tendo sido salva, ela não é tratada com tanta gentileza, afinal ela acabara de descobrir o maior segredo desse grupo de samurais, o Shinsengumi, com o qual passaria um longo tempo de sua vida.