O desenho narra o cotidiano das duas cantoras em situações muito divertidas, o empresário pão-duro Kaz, e os dois gatos das cantoras, Jang Keng e Tekirai (que não se dão nada bem com Kaz).
Ami e Yumi vivem em situações como perseguições por fãs compulsivos, sátiras a outros desenhos, (Stu-pi-Doh = Yu-gi-Oh), cenários do faroeste, ninjas, algumas histórias de "terror", e algumas de amor.
As personagens possuem personalidades muito opostas, onde Ami é mais agitada e bem feliz enquanto Yumi é do tipo "dark" e calma.
Hi Hi Puffy Ami Yumi também apresenta algumas cenas em que as próprias cantoras aparecem fazendo diversas travessuras, pegando as câmeras e correndo pelo set de filmagem, ou ensinando a respeito da cultura japonesa (ou então, como aconteceu em um episódio, ensinaram a dançar para-para.)