Holden - O Perseguido conta a história de Neil Lawrence (DJ Qualls), um jovem de 18 anos que, ao procurar desesperadamente um significado para a sua vida, foge à família e refugia-se na busca de Holden Caulfield, a personagem de um romance que ele já confunde com a realidade.
Ao sair do hospital psiquiátrico Neil Lawrence vai para o mesmo colégio que o pai e o irmão frequentaram. Porém não aguenta a disciplina rigorosa e o "peso" do passado da família e em vez de fazer amigos, refugia-se numa obra de J.D. Salinger que considera como a sua Bíblia pessoal. Poucos dias após a sua chegada ao colégio conhece T.J. (Richard Blanchard), uma jovem menor, por quem se apaixona. Quando o professor de Inglês manda fazer um trabalho sobre a personagem Holden Caulfield, Neil decide ir conhecer o autor da obra que ele acha que desempenhou um papel principal na sua vida e, na companhia de T.J., parte para Nova Iorque numa viagem que irá mudar a sua vida para sempre.