Nagisa é a típica estudante do secundário numa terra invadida por monstros alienígenas e Iczer 3 é a mais jovem de uma raça de pilotos guerreiras que juraram proteger a humanidade. Juntas, formarão uma equipa de combate com estilo punk e muita perícia. Mas... será o suficiente para derrotar um exército de invasores, cujo objectivo é aniquilar a humanidade?