O agente Nick Fury, após descobrir um grupo de Skrulls (seres reptilianos capazes de mudar de forma) que invadiram e se infiltraram na Terra, precisa se reunir aos seus confiáveis aliados - entre eles Everett Ross, Maria Hill e Talos - para deter os alienígenas e fazer com que tudo volte ao normal. Porém, os humanoides não serão a única ameaça a cruzar o caminho do grupo.