Yagi Takeru perdeu seus pais quando ainda era criança e desde então ele vem vivendo com a familia Touma, que o adotou. A vida é calma e agradável, sempre rodeado por muitas pessoas, como as irmãs Shiratori (Kotono e Asuka) que sempre preparam o desjejum para ele e seu avô, Touma Rokunosuke; seu melhor amigo e rival de kendo, Yamato Takeshi e sua amiga de infância, Oosu Seri. E o cotidiano seria assim, até que um terremoto ocorre nas proximidades da escola. Quando Takeru desperta, a escola parece estar abandonada há séculos, reduzida a escombros e todos os estudantes e professores desapareceram. Mais tarde, descobre que não foi só a escola, mas toda a cidade em que vivia está vazia...