Jinki segue a história do personagem principal Aoba, uma garota solitária adolescente que se destaca a construção de robôs modelo de plástico. Um dia, ela é sequestrada por sua mãe para as selvas da América do Sul, onde uma organização chamada "Angel" está a preparar um robô chamado Combat Robot Moribito Número 2 ("The Guardian") para fazer a batalha contra a antiga "Jin-ki" ("Máquinas humanas").