O filme é baseado na popular série animada da Hanna-Barbera criada por Doug Wildey em meados da década de 1960. A história é centrada no aventureiro Jonny Quest, que viaja com seu pai cientista, seu irmão adotivo, Hadji, e seu guarda-costas ex-agente secreto, Race Bannon, resolvendo mistérios que ameaçam o mundo.