Youko Nakajima é uma colegial exemplar, que está sempre tentando agradar aos outros. Ultimamente, uma série de pesadelos com estranhas bestas lhe pertubam o sono. Em um dia comum, Nakajima é surpreendida em sala de aula por um homem com vestes estranhas, este homem diz se chamar Keiki e ajoelhado aos seus pés lhe jura lealdade e diz que precisa levá-la a um outro lugar para protegê-la. Atoardoada pela situação estranha e sem entender o que está acontecendo, eles são atacados por um pássaro gigante, parecido com os que Nakajima via em seus sonhos.
Keiki foge com Nakajima para o terraço da escola, lá Nakajima se encontra com dois colegas de classe: Asano e Sugimoto, que acabam por se envolver na situação. Keiki entrega a Nakajima uma misteriosa espada e ordena que ela lute conta a besta, ela fica sem ação e indefesos contra a besta, Keiki invoca servos para que lutem contra o monstro. Não vendo mais saída, Keiki transporta os 3 para seu mundo - Os 12 Reinos - Em meio a viagem, todos acabam se separando.

Agora eles devem aprender a sobreviver em um novo mundo, repleto de magia, bestas, espadas e imortais.

Ao contrário da maioria dos animes, Juuni Kokuki não é baseado em um mangá e sim em um romance escrito por Fuyumi Ono. Uma literatura rica, com um complexo desenvolvimento dos personagens, um mundo cheio de fantasia e uma invejável mitologia. O anime não mostra apenas a história de Nakajima, mas também de outras pessoas que sairam da terra para viver neste mundo.