Uma cidade está cheia de monstros chamados Amazons, que se infiltraram na sociedade. Para limpar a bagunça, uma empresa farmacêutica conhecida como Nozama Pharmacy, contratou um time de extermínio para lidar com esses monstros.

Jin e Nanaha lutam para sobreviver a esse extermínio, e nesse meio, acabam convencendo Hakura a descobrir sua verdadeira natureza e a lutar contra esses monstros. A regra do jogo passa a ser matar ou ser morto, caçar para sobreviver e brigar por qual raça prevalecerá. Em meio a essa tormenta, dois romances proibidos surgem e mudam drasticamente o destino de todos.