A cidade de Yubari na prefeitura de Hokkaido tornou-se uma cidade fantasma depois da presença de Shadow Moon e seus asseclas de Gorgom. Makino, um cientista trabalhando em um experimento ultra-secreto, um robô de Gorgom, escapa da organização do mal e retorna para Tóquio, apenas para descobrir que sua esposa e filha foram raptadas. Como Kamen Rider Black, Kotaro viaja para Yubari para salvar a família de Makino e libertar a cidade do mal aperto de Shadow Moon.