Den Komyoji é um cientista especializado em robótica, desgraçado pela morte do primogênito em um acidente de laboratório. Desconsolado, Komyoji conhece o Professor Gill, que se mostra muito interessado pelo seu trabalho. No entanto, Komyoji logo descobre estar sendo manipulado para construir máquinas assassinas para a organização DARK e que sua própria esposa é uma espiã. Então decide utilizar de todos seus conhecimentos para a construção de um robô com sentimentos humanos, movido pelo circuito de consciência GEMINI, seu nome é Jiro e este pode assumir a forma de Kikaider para combater seus irmãos controlados por DARK.

Por fim, a filha de Komyoji, Mitsuko, descobre a existência de Jiro e questiona quais seriam as motivações de seu pai para construir um robô atormentado por sentimentos humanos, mas acaba por simpatizar e até se apaixonar por ele. Seu irmão mais novo, Masaro, considera Jiro como parte da família, mas sua ingenuidade infantil não permite que enxergue toda a conspiração que existe por trás de sua criação, afinal, Komyoji tinha seus filhos, então que necessidade teria para que, como Gepeto, construísse um Pinóquio para si?