O anime se passa em uma cidade japonesa fictícia chamada de Sugomori City. Um dia, Sonosaki diz ao seu colega de classe Katsuhira: “Você foi selecionado para ser um Kiznaiver.” O Sistema Kizuna, que permite Katsuhira de compartilhar suas feridas, conecta-o aos colegas, cujas vidas e personalidades são completamente diferentes das suas. O Sistema Kizuna é um sistema incompleto para a implementação da paz mundial que conecta pessoas através de feridas. Todos aqueles que estão ligados a este sistema são chamados Kiznaivers. Quando um Kiznaiver é ferido, o sistema divide e transmite o ferimento entre outros Kiznaivers. Sugomori City é construída na terra recuperada. Mas com o passar dos anos, a população da cidade está diminuindo. A história se passa nesta cidade onde Katsuhira e os outros vivem.