Magician’s Academy gira em torno de Takuto Hasegawa, que frequenta uma academia de magia que não está marcada em nenhum mapa. Durante um exame de magia de invocação, ele acidentalmente cria uma garota chamada Tanarot, que acontece de manter o poder mágico suficiente para destruir o seu país, mas felizmente Tanarot professa lealdade eterna ao seu “criador”.