A guerra civil assola o país de Gazth-Sonika. Em meio ao caos da guerra existe uma mercenária chamada Madlax, temida por suas habilidades quase sobrehumanas. No país de Nafrece, onde a paz impera por enquanto, Margaret Burton tem uma vida tranquila e de paz. Mesmo separadas e distantes, ambas parecem estar conectadas por fios de mistérios e por um livro sagrado, este procurado por uma organização sombria, a Anfan. Seguindo seus destinos, Madlax e Margaret se aproximam cada vez mais, sem ao menos saberem se é isso mesmo que gostariam que acontecesse.