Takamachi Nanoha é uma menina que estuda na 3º série do primário e que vivia de forma normal até que um dia encontra-se com um rapaz de outro mundo. Depois deste encontro ela obtêm um cristal mágico denominado Raising Heart e consequentemente adquire poderes mágicos. Junto com estes poderes ela recebe a tarefa de selar as "Jewel Seeds", poderosos cristais de outro mundo que estão dispersos em nosso mundo. E assim começa as aventuras da Nanoha, que tarde da noite gasta seu tempo como garota mágica enquanto que de dia vai à escola normalmente. Ao menos até o dia em que as coisas se complicam mais ao descobrir que não é a única atrás das Jewel Seeds.