Nanoha é uma estudante de 9 anos de idade, carismática com suas colegas e receosa quanto ao seu futuro.

Certo dia, Nanoha foi contactada por um pequeno animal chamado "Yuuno", que detectou a grande capacidade de manipulação de magia que ela tem. Este explica a Nanoha que em sua cidade estão espalhadas pequenas pedras chamadas "Jewel Seeds", que na verdade são fragmentos de energia cristalizada vindas de outra civilização, afastada da Terra.

Essas Jewel Seeds, se ativadas , poderiam amplificar a capacidade de realização de um desejo de quem a ativou, o que as torna muito perogosas porque, se usadas com má intenção ou com descuido, podem causar destruição.